為使學校能優質、多元發展，並兼顧辦學特色及教育理念的實踐，教育部推動「高中職優質化輔助方案」，期許在此方案的推動下，能達到「學校優質，區域均質」的目標，使學生都能適性就近入學。十二年國民基本教育｢適性揚才列車｣第8班列車-〈菊島騎跡．漁我同行〉，將由國立澎湖海事發車。
澎湖海事學校位於馬公市區西瀛勝地觀音亭北側，是全國歷史最悠久的海事水產職業學校，為游泳休閒的好去處，也是帆船訓練及國際級比賽的理想場地。該校自96學年度開始推動高職優質化輔助方案，第1期程聚焦在「教師專業發展」、「提升語文力」、「獎勵就近入學」等子計畫，將澎湖人「三點水精神」-不向逆境低頭、不服輸、刻苦耐勞以及奮發向上的傳統精神，結合在地特色設計課程與活動，找出學校可以深耕的特點；第2期程則在優質的基礎上，發展「休閒漁業精緻觀光」、「優質文化海洋圖書」、「用愛領航自在遨翔」及「電動節能機不可失」等子計畫。
澎湖海事結合在地資源，規劃系列主題課程，從「認識海洋生物與環境」課程，讓學生感受「摩西分海」的神奇，體驗潮間帶的生機。透過「抱墩漁業」活動及「石滬漁業」研習，讓學生了解到捕魚技術及先民的智慧。透過系列主題課程，澎湖海事不僅創造學校亮點，更展現「休閒漁業精緻觀光」子計畫的內涵。
學校在「電動節能機不可失」子計畫中，結合澎湖縣的「低碳島-綠色運輸」計畫，建置「電動機車實習教室」，開設「電動機車維修」特色課程，與經濟部工業局、澎湖縣政府共同合作，成立電動機車維修人才培育中心，更透過客製化研習，結合智慧電動車輛，推動以零噪音、零排放、零污染的綠色交通運具－TES電動機車，以達全島低碳、綠色運輸的目的。   
此外，澎湖海事更在「用愛領航自在遨翔」子計畫中，從「環保」做起，藉由教師以身作則，帶領學生從事「服務學習」工作，在撿拾的過程中，構築學生「服務學習」的概念，強化了「回饋社會」的精神。
在教育部「高職優質化輔助方案」挹注下，澎湖海事研發具特色的校本課程與活動，規劃系列特色課程，展現「適性揚才」的教育目的，培育學生成為新世代優秀的領航人。這部執行成果展示宣導影片已上載至網際網路http:// youtu.be/TjL_W21_4KA，歡迎各界觀賞運用。