反教育商品化聯盟不滿研究所學雜費由各校自訂，到教育部抗議，由教育部高教司專委接下陳情書。教育部表示，從民國八十四年起，研究所學費就採備查制，目前不打算調整。

教育部高教司副司長馬湘萍表示，「尊重學生團體的看法。不過研究所學費自主從八十四年起，就是依教學成本、品質，訂定後報教育部備查，除非有窒礙難行之處，否則還是依規定執行。」

　至於備受爭議的大學部「學雜費調整機制」，去年底召開公聽會就引發各界質疑，教育部只得暫緩實施，目前仍在收集各界意見。101學年度下學期確定凍漲，但八月開學後，學雜費漲不漲，馬湘萍說，最遲明年四、五月決定。