台灣漁船遭菲國公務船掃射事件，27日兩國互派調查團前往調查。我國調查團詢問菲國海防人員，得知至少8人開槍掃射、我國漁船並未衝撞菲國公務船等，案情逐漸明朗；另菲國人員也前往屏東調查，包括勘驗航行紀錄器(VDR)、廣大興28號船身等，發現菲國人員開了至少45槍，多數集中在駕駛艙，明顯有殺人犯意，再看到船上的彈痕累累，讓菲國調查團看了啞口無言。
菲國調查團29日上午登船鑑識，在船身發現新的刮痕，由於之前鑑識報告，都說沒有和菲方的公務船有發生擦撞，因此這個新線索，引起高度重視。只是，但之前我方多次勘驗報告，都說船身沒有擦撞痕跡，這道刮痕從何而來？
屏東地檢署檢察官謝志明受訪時說，「就目前各位所看到的，主要是集中在船頭，有一道黑色刮傷痕部分，不過這個部分還需要進一步高度的比對，以及採證、進行材質比對，看是不是有衝撞，做一個關連性判讀。」
根據菲媒質疑的船身刮痕，我國已採集菲國公務船船尾所謂的刮痕，發現其顏色是藍色，而非「廣大興」船身的紅色。但航行紀錄器顯示(VDR)，廣大興並未侵入菲國領海，船身也無碰撞痕跡，菲國提出的擦痕，經對照2艘船隻痕跡高度也不符。
目前2國調查團各自勘驗之後，發現菲國先前屢稱是我國漁船意圖衝撞的說法，是個明顯的謊言、瞎掰，甚至還以「壞人」形容我國漁民，明顯就是汙衊；日前菲國調查也不斷意圖導向開槍殺人是為了自衛而合理化行為，一度讓洪家人對於真相是否能水落石出而一度感到悲觀。
洪家大姐洪慈綪表示，「在經濟海域殺人就是不對，菲媒質疑船身擦痕根本不是重點，更何況我們有可能開玻璃纖維的小船衝撞菲律賓的鐵殼船嗎？」洪慈綪認為，菲律賓是在打迷糊仗，她也呼籲總統馬英九腰桿要挺直、硬起來。