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1895年11月，伊能嘉矩以陸軍省雇員身分來到臺灣，任職於總督府民政局。1897年11月，伊能嘉矩抵達蘭嶼，與鳥居龍藏相遇。將臺灣原住民分成8類（泰雅、阿美、布農、曹、賽夏、排灣、漂馬、平埔），打破以往在清政府撫番時所做生番、熟番的劃分。1898年4月，伊能嘉矩任「蕃政研究」調查員，發表《臺灣土番開發狀況》。1900年，臨時臺灣舊慣調查會成立，任命伊能嘉矩為幹事。1904年4月，伊能嘉矩以《臺灣蕃政志》向東京大學申請博士學位，但在1907年遭撤回。