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瘧疾的致病源是瘧原蟲（瘧原蟲屬，Plasmodium spp.），這是一類單細胞真核生物，屬於細胞內寄生蟲，它們以瘧蚊（蚊子的其中一個屬，瘧蚊屬的部分種類）作為傳病媒介，通過雌蚊叮咬吸血來傳播病原體。