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依加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應課徵營業稅。又依同法第3條第1項但書及同法施行細則第6條規定，藥師（藥劑生）屬執行業務者，提供其專業性勞務及個人受僱提供勞務，非屬營業稅課稅範圍。依財政部84年3月22日台財稅第841608399號及87年6月18日台財稅第871947546號函釋規定，藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，其依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入，非屬營業稅課稅範圍，免辦營業登記，無課徵營業稅及開立統一發票問題，惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
該局指出，前揭非屬營業稅課徵範圍，僅限依醫師處方箋從事調劑、藥品供應之收入，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記，課徵營業稅。