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　　次世代定序又稱為大量平行定序（Massively Parallel Sequencing, MPS），是建構在一代定序的基礎上開發出的新技術，藉由同時間大量的短序列片段（Short Reads）定序達成高速以及高通量的效果，且樣品不需經質體複製就能進行定序，減少了複製過程可能出現的錯誤率。

　　現階段常見的次世代定序技術為ABI開發的SOLiD、Helicos開發的tSMS、roche開發的454以及Illumina開發的Solexa，次世代定序每次反應產出的序列數據量約為一代定序的十萬倍（表一）；以Solexa為例，其運作原理為將待測核酸樣品分解成200~500bp不等的短片段並接上Adapter，將其放入帶有adapter互補序列之晶片上（圖二）再透過橋式聚合酶鏈鎖反應（Bridge PCR）進行擴增，使片段在晶片上產生叢集（Cluster）（圖三），隨後以Polony Sequencing以及Reversible Terminator Chemistry的原理加入帶有可移除之螢光分子的dNTP，反覆進行螢光標記的移除與偵測，達到大量定序的效果。

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