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行政院衛生署已於2013年改制為行政院衛生福利部

2013年5月31日，依照政府組織再造規劃，立法院三讀通過《衛生福利部組織法》和相關組織法^[2]，並於同年6月19日公告施行^[3]。7月23日，改組升格為衛生福利部^[4]，成為中華民國政府遷臺後第二個新組成的部，本部仍位於臺北市大同區塔城街36號；原內政部社會司的社福業務移置衛生福利部成立社會救助及社工司、保護服務司、社會保險司，內政部兒童局與教育部的國立中國醫藥研究所亦改隸衛生福利部，分別改制為社會及家庭署與國家中醫藥研究所。12月30日，位於臺北車站3樓的統計處、全民健康保險會、全民健康保險爭議審議會、護理及健康照護司以及位於本部3樓的社會保險司，先行搬至衛生福利大樓（臺北市南港區忠孝東路六段488號）。