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干治士於1627年抵達臺灣，但確切的日期有數種說法。例如甘為霖《荷蘭時代的福爾摩沙》（Formosa under the Dutch）一書便寫說是該年的5月4日抵臺^{[7]:108[8]:156}，但該書2017年中文版翻譯第206頁的註釋則寫說是8月27日^[8]:206。此外還有該年6月的說法^[1]:36。

甘治士來臺後受命主持熱蘭遮城的宗教事務，他卻前往新港社宣教，同時學習西拉雅語。此時西拉雅部落之間常爆發衝突，新港社尤其深感北方麻豆社的威脅，為了爭取荷蘭人的支持^[9]，村民接受干治士居住於此。原本干治士抱持很大的期望到新港社宣教，居住一陣子後，卻發現不如所想的簡單。西拉雅人不少風俗都違背基督教的教義，如膜拜神像、墮胎等；加上西拉雅人相當尊敬傳統女祭司—尪姨，他...

干治士於1627年抵達臺灣，但確切的日期有數種說法。例如甘為霖《荷蘭時代的福爾摩沙》（Formosa under the Dutch）一書便寫說是該年的5月4日抵臺^{[7]:108[8]:156}，但該書2017年中文版翻譯第206頁的註釋則寫說是8月27日^[8]:206。此外還有該年6月的說法^[1]:36。

甘治士來臺後受命主持熱蘭遮城的宗教事務，他卻前往新港社宣教，同時學習西拉雅語。此時西拉雅部落之間常爆發衝突，新港社尤其深感北方麻豆社的威脅，為了爭取荷蘭人的支持^[9]，村民接受干治士居住於此。原本干治士抱持很大的期望到新港社宣教，居住一陣子後，卻發現不如所想的簡單。西拉雅人不少風俗都違背基督教的教義，如膜拜神像、墮胎等；加上西拉雅人相當尊敬傳統女祭司—尪姨，他們擔心若背離尪姨的教導，將會失去諸神的保庇^[1]:38。

1628年8月，受濱田彌兵衛事件所波及，新港社開始盛傳荷蘭人將不再保護自己，並打算把他們逐出村莊^[1]:38、39。面對此種謠言，干治士希望彼得·奴易茲長官能出面澄清，承諾荷蘭人將會保護新港社，並且以長官權威來制止尪姨的影響力^[10]。不過奴易茲只答應拜訪新港社，以干治士的名義贈送禮物給村內長老，而未介入新港社事務。

12月，干治士完成了《台灣略記》後，便向奴易茲提出自己的宣教理念。他希望把歐洲司法制度引進西拉雅部落，藉由懲罰他們違背基督教義的行為，引導西拉雅人接受基督教^[11]。不過奴易茲認為這需要不少人力，又耗費很多時間，拒絕干治士的提議。

1629年1月，奴易茲突然改變對新港社的立場，率軍突襲新港社，強行監禁隨濱田彌兵衛到日本的新港人。這時干治士正於熱蘭遮城主持禮拜，等到干治士回到新港社，族人已不再信任他。6月，又發生了麻豆溪事件，麻豆人大勝荷蘭人，新港社也被麻豆人劫掠，干治士只得退回熱蘭遮城。

西拉雅人往往把戰事上的成敗，歸因於有無神明保庇，所以在西拉雅人眼裡，荷軍受挫於麻豆溪事件，也就表示基督的法力不如西拉雅諸神^[12]。為了挽回荷蘭人的威望，干治士鼓動新任長官漢斯·普特曼斯進攻新港社的敵對部落。後來幾場戰事的勝利，讓新港人開始認同基督教，到了1631年3月，共有50位新港人接受干治士洗禮成為基督徒^[13]。

干治士對當時臺灣先住民描述道：「福爾摩沙人都很友善、忠實和善良。他們對外來人也很好客，以十分的誠意按照他們的方式拿出食物和飲料。…福爾摩沙人對朋友和盟友非常忠實...他們有很好的理解力，記憶力特別強，很容易明白和記住任何事情。」^[14]