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肝臟疾病可能伴隨AFP的上升，其中又以肝癌為最常見造成異常上升的疾病，因此甲型胎兒蛋白也被用於肝癌高危險群病患之篩檢工具，

除肝癌外，肝細胞再生過程中也會分泌甲型胎兒蛋白。因此在肝炎，尤其急性肝炎或肝硬化病患其AFP也可能有上升之情形，此上升情形是間接反應肝細胞壞死後的再生，不過仍然必須小心排除肝癌的可能。

AFP高不一定就是肝癌，但正常也無法絕對排除肝癌。所以肝癌高危險群病患必須合併其他檢查工具來追蹤，而非僅靠血清甲型胎兒蛋白檢驗。