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除錯通常使用內部電路仿真器或者其他一些能夠在微控制器微碼（microcode）內部產生中斷的除錯器。微碼中斷讓除錯器能夠在只有CPU工作的硬體中進行操作，基於CPU的除錯器能夠從CPU的角度來測試和除錯電腦的電路。

開發人員能夠仍然使用斷點、單步執行以及高階語言進行除錯，在許多的除錯工具上都有這種能力。另外開發人員在除錯即時事件順序的時候需要記錄、使用簡單的記錄工具。

首先遇到這種問題的個人電腦和大型電腦程式設計師經常在設計優先級和可行方法的時候感到困惑。指導、代碼審查和非個人風格（egoless）的編程是值得推薦的。

大多數這樣的開發環境都有一個執行在個人電腦上的參考設計，這種軟體的絕大部分都可以在傳統的個人電腦上開發。然而，從開放環境移植到專用的電子裝置和電子裝置的驅動程式開發通常仍然是傳統的嵌入式系統軟體工程師的工作。