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奠基者效應，或稱為 「拓荒者效應」是指某些生物族群內的個體，因各種原因而離開原本居住的母族群（比如長大成熟、離家開拓新領土）；之後在新環境中建立自己的族群，繁衍後， 新族群數量逐漸上升，但因這個新族群是由來自母族群的少數「祖先」所建立，所以在基因組成上十分類似（因其都是堂兄弟姊妹或表兄弟姊妹），此種情況就稱為 「奠基者效應」，（像是中國、台灣各地常可見到的家庄，就是一例）。

　　而瓶頸效應則是指一族群原本數量繁多，但因種種因素（如天災人禍，出生率突然下降）、導致族群數量大量減少，之後該族群的數量雖逐漸回復，但基因組成卻十分相似，此種情況就稱之為「瓶頸效應」。

拓荒者效應（founder effect，又譯為「奠基者效應」）是一種造成族群遺傳結構發生變化的機制：當一小群個體脫離母族群、建立新族群時，新建立的族群的遺傳多樣性通常會遠低於母族群的遺傳多樣性。

瓶頸效應 (bottleneck effect) 說明原本數量很多的族群因各種因素（天災、出生率下降、棲地破碎化、過度開發…等）造成族群數量銳減的現象。族群數量銳減，種內世代間的雜交降低不同基因傳遞至下一世代的數量，使得族群內有效族群的遺傳歧異度大幅降低，較無法抵抗天擇等選汰壓力（溫度驟變、族群競爭、捕食……等因素），最終將使族群面臨滅亡危機；瓶頸效應的影響在小族群內尤其明顯。

等位基因頻率發生隨機變化，如同頻率漂變，即稱為遺傳漂變（genetic drift）或是等位基因漂變（allelic drift）。

基因交流是指在不同族群間的等位基因有交流的現象，而使基因庫發生變化的現象。