新竹科學園區面臨斷層與地震威脅，台大地質系教授陳文山研究，新竹斷層與新城斷層同為活斷層，且斷層恰好通過新竹市中心，沿線有十幾所學校；未來一旦發生錯動，對北台灣經濟重心將造成極大威脅。
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新竹科學園區堪稱台灣經濟命脈。不過，據陳文山研究，北台灣附近有兩條活斷層，一條是通過新竹市中心的新竹斷層，另一條是通過竹科正下方的新城斷層。新竹教育大學教授游能悌指出，因斷層位置敏感，因此沿線五十公尺內，只能當作道路使用，而新竹斷層沿線，經過新竹教育大學、新竹高中、交大、清大、建功國小等校區，一旦發生錯動，後果恐不堪設想。
陳文山大膽預測，一旦地震發生，因新竹斷層沿線上方都是民宅與學校，新竹市可能全毀；且因新城斷層就在新竹科學園區的正下方，屆時台積電、聯電等，全球半導體重鎮可能損失慘重。