「我住在這裡，就對這個地方有責任。」自1995年在高雄海洋科大任教，林啟燦便帶學生組成「鄉土環境汙染調查團隊」長期監測楠梓、後勁地區環境，他說，「保護環境，也是保護我們的生命。」
在美國求學、工作的林啟燦回憶，剛回國時對髒亂環境很難適應，「學校鄰近煉油廠、中油，還有楠梓加工區，以前還有垃圾場，空氣總是臭的。」他發揮汙染監測專長，應用美國環境監測技術，提出讓公部門和企業都信服的報告，逐步改善空氣品質。
抓汙染源並不容易，林啟燦便採用「汙染指紋」技術，「像在命案現場採樣指紋一樣，這是環境法醫鑑識。」他解釋，例如中油每根煙囪都有代號，採樣分析可知每個煙囪飄出來的汙染物種類，「每個製程有溢散源溢散出來的指紋」，若有汙染，便可比對出自哪個處理場或哪個製程。
林啟燦帶學生在後勁溪每一座橋採樣分析。「邊帶學生檢測，邊讓他們學習關心這塊土地。」他認為，學生蘵此會產生環保意識，也會警惕。
「我們很難確定偷排廢水是個人錯誤，或經營者授意。」林啟燦嘆，楠梓加工區沒有統一的廢水處理廠，若大廠都如此投機取巧，小廠怎麼辦呢？他強調，廢水處理應該一開始就要由專家做好評估，工業局要輔導並稽核，而非壓在個別廠商的肩膀上，而廠商也要改變心態，追求永續，要跟上環保腳步。
台塑仁武廠曾爆汙染後勁溪，經林啟燦規勸、公民團體施壓，目前在土壤地下水整治上已取得不錯的成果。他以此鼓勵日月光等企業反省改善，也希望政府能強硬起來，「我在美國處理漏油事件時，環保人員和荷槍實彈的FBI人員同時在30分鐘內到達，FBI立刻查帳，這是企業不樂見的。」
他認為，日月光偷排事件，是政府和企業檢討並轉型的機會。