教育部將高中補救教學的對象，設定為學科成績在同年級後25%學生。然而城鄉差異大，每所學校的後25%並不相同，學界建議設定全國一致的學力標準，將資源用在最需要的人。
十二年國教預計於民國103年正式上路，各界都擔心高中學生程度差距拉大，不利於教學。教育部公布「補助高級中等學校扶助弱勢學生提升學習素質注意事項」，將公私立高中補救教學的對象，定為前一學期學科成績，在同年級後25%；高一第一學期，則是第一次段考學科成績，在同年級後25%。
然而，這樣「按比例一刀切」的作法，備受學界質疑。全國教育產業工會總聯合會副理事長吳忠泰說，「建國中學的後25%，跟偏遠學校的後25%，怎麼會一樣？」
吳忠泰認為，全國高中樣態多，學生程度差異大，有些學校後25%的學生，學業表現仍堪稱良好，根本不需要補救；但在偏遠、鄉村地區，全校可能有一半的學生數學不及格，如果只有後25%能參加補救教學，恐怕難以發揮功能。
吳忠泰建議，除了設定比例的「常模參照」，也有建立一套「標準參照」模式，設定全國一致的學力標準，定期診斷，沒達到的學生便安排補救教學，如此作法較為妥當。
全國高級中等學校教育產業工會秘書長、新北市泰山高中教師黃文龍也認為，補救教學的範圍不該「一刀砍下」。除了城鄉差距，各學科也有差距，例如數學、物理、化學、英文等科，學生落後的比例更大，政策應保留彈性。
黃文龍建議，高中實施「學分」及「重補修」制度多年，補救教學應相結合。按照現行作法，必修科目被當，學生得自費重修，對一些無學習動力的孩子來說，無疑是再一次的折磨和剝奪。
黃文龍希望補救教學制度融入重補修體系，並由教育單位發展出一套「評量工具」，讓老師在期中、期末診斷學生是否學會了，安排多元的補救措施。
教育部國民及學前教育署承辦人傅國樑則認為，每個學校都應瞭解自己學生的狀況，補救教學的目的是補足「基礎能力」，而非追求頂尖。目前申請補救教學經費的學校，大都位於鄉間、教學資源較缺乏的地區，「建中、北一女的學生都很優秀，就不需要規定後25%的人接受補救教學了。」
國教署科長黃（水靜）儀表示，十二年國教推動後，每所高中收到的學生「異質性」會越來越大。學校可以因應學生的個別差異和發展，設計多元選修課程、適性分版本教學等，幫助低學習成就的學生。