教育部2004年建置完成六大學習網，有讀者投訴指「自然生態學習網」遭情色網站廣告攻陷，出現「約愛愛、一夜情宅急送」等讓人臉紅心跳的露骨留言。離譜的是，情色廣告出現長達10天，期間卻無人管理並刪除留言，「教育部管理未免太鬆散！」
記者向教育部查證，情色廣告已於昨天下午4時緊急移除。教育部資科司副司長劉文惠說，將在委外合約中明訂，若網站有留言板功能，管理人員至少應天天檢查。計畫主持人、台北市立大學理學院院長許民陽表示，該網站正進行交接，確實忽略了管理，助理人員已立即處理。
「自然生態學習網」於2004年11月5日建置完成，會員達2萬8千多人，其中生態素材寶庫的瀏覽人氣更高達2億多人次。