配合政府組織改造，今年元旦起，包括青輔會、體委會的部分業務都併進教育部，教育部調整為三個署、八個司、六個處、以及十一個附屬機關和一個行政法人。
    
    教育部組織改造，將整併行政院體委會及青輔會部分業務，整合全國教育、體育、青輔的工作，成立「國民及學前教育署」、「體育署」及「青年發展署」等三個三級機關，教育部秘書室科長張靜瑩說：「未來我們會推動十二年國教，所以特別成立了國民及學前教育署；整併了體委會的部份，就設立了體育署；青輔會的部份就成立了青年發展署。」
    
    而在教育部本部方面，從原本三十個一級單位併成十五個一級單位，調整為八個司、六個處，除了高教司、技職司沒有太大變動外，「綜合規劃司」整合原本秘書室、教研會、體育司業務；「終身教育司」整併原社教司及國語會業務；「國際及兩岸教育司」整併原國際文教處、僑教會及大陸小組等業務；「師資培育及藝術教育司」整合原中教司、社教司業務；「資訊及科技教育司」合併原電算中心、顧問室及環保小組；「學生事務及特殊教育司」整併原軍訓處、訓委會及特教小組，回應「學生是教育的主體」、「特教也是教育主流」的聲音。
    
    附屬機構部分，國立自然科學博物館也整併國立鳳凰谷鳥園，而原國立臺中圖書館、國立中央圖書館臺灣分館也分別更名為「國立公共資訊圖書館」以及「國立臺灣圖書館」。