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根據 法治國原則，涉及人民權利義務的事項，例如稅率、刑罰等重大事項，必須透過法律的形式，由立法院通過並由總統公布，以確保程序的正當性與法的安定性。綜合所得稅的稅率直接關係到人民的財產權，因此必須透過法律來規定。

其他選項的解釋：

• (A) 監察院審計部職員之休假措施：
  這類行政機關內部的管理細則，通常由機關自行訂定為行政命令，無需立法規定。

• (B) 國外學歷查證及認定作業要點：
  這屬於行政機關的技術性規範，多由教育部等主管機關訂定行政命令或作業要點，而非法律。

• (D) 天然災害停止辦公及上課作業辦法：
  這類緊急措施通常由地方政府或相關主管機關訂定為命令或辦法，不需要以法律的形式規定