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橈腳類有時會在供水系統中出現，，尤其是沒有過濾的供水。在已處理的供水系統中並不怎麼有問題，但在如秘魯及孟加拉等熱帶國家，就有發現橈腳類與在未經處理供水中的霍亂有關，而霍亂菌是附在浮游生物的表面。這可以透過過濾供水來減低問題的影響。

在越南已經成功以橈腳類來控制帶病的蚊，如傳播登革熱的埃及斑蚊。將橈腳類（如中劍水蚤及大劍溞屬）加入容器中，牠們可以在容器中生活多個月，攻擊、殺死及掠食孑孓。這類生物控制方法須與清理及回收垃圾等配合，以消除蚊子滋生的地方。