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遠自民國十六年，為整飭吏治，杜絕貪污，早有改善財政管理之議，先由財政部試辦會計獨立制度，期能以超然立場執行財務監督。惟試辦結果，因無法指揮其他部會的會計人員，而不見成效。

民國十七年立法院為健全政府財政，鑒於財政部施行會計獨立失敗之經驗，乃主張將預算、會計、統計三種功能歸屬一超然機關。經過許多財政專家學者充分討論後，最後傾向參酌美國制度，預算權歸屬於最高行政首長之精神，依我國國情新設一超然主計機關，直屬於國民政府，主計長直接向國民政 府主席負責，以監督所屬各院、部之財務運作。

民國二十年國民政府主計處組織法完成立法，我國主計機關正式成立，超然主計制度於焉建立。自此，國庫出納業務歸財政部，財務...

遠自民國十六年，為整飭吏治，杜絕貪污，早有改善財政管理之議，先由財政部試辦會計獨立制度，期能以超然立場執行財務監督。惟試辦結果，因無法指揮其他部會的會計人員，而不見成效。

民國十七年立法院為健全政府財政，鑒於財政部施行會計獨立失敗之經驗，乃主張將預算、會計、統計三種功能歸屬一超然機關。經過許多財政專家學者充分討論後，最後傾向參酌美國制度，預算權歸屬於最高行政首長之精神，依我國國情新設一超然主計機關，直屬於國民政府，主計長直接向國民政 府主席負責，以監督所屬各院、部之財務運作。

民國二十年國民政府主計處組織法完成立法，我國主計機關正式成立，超然主計制度於焉建立。自此，國庫出納業務歸財政部，財務監督業務則歸主計處，民國三十七年配合憲政之實施，改組為主計部，隸屬於行政院，惟首長仍稱主計長，持續維持一條編制度。嗣後因應精簡，三十八年改名為行政院主計處。

依據預算法第四十五條規定，行政院主計處是編彙中央政府總預算案之歲出預算與核實整理歲入預算之機關，效力達到行政院所屬、以及行政院以外之各機關，此由主計法令皆冠以「各機關」字樣，表示其效力及於各級政府之所有機關可看出。同法規定財政部乃擬編稅課、罰款及財產等收入之機關，在擬編過程中須與主計處研商，因此主計處之地位屬於超然之審核單位。我國政府財務的處理分為財務行政、公庫出納、主計與審計四大聯綜系統，各自獨立行使職權並有相互制衡（Check and Balance）的功能，其中即以超然地位的主計為核心。