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余清芳本為臺灣警員，於「臺南西來庵」借齋教及王爺信仰名義來宣揚其抗日行動。之後其認識了他里霧人（今雲林縣斗南鎮）羅俊、竹頭崎人（今臺南市南化區）江定、大目降人（今臺南市新化區）蘇有志等，密謀組「大明慈悲國」，打算武力反抗日本殖民當局。

他自稱是明朝羅教羅思孚老祖的嫡系法脈，受到五福王爺的扶乩神示，擔任「征伐天下大元帥」，可除卻臺灣總督府，由他本人登基成為「臺灣人的皇帝」。

此事件後，臺灣總督府才開始整飭臺灣民間信仰的問題，以避免類似起事事件再發生。安東貞美總督在會議時曾說：「義和團之亂已經是十幾年前清國的事情，為何今日臺灣還有此類的暴動？盲從暴動者至少也該知道，迷信是不能依賴的。」^[15][16]認為迷信...

余清芳本為臺灣警員，於「臺南西來庵」借齋教及王爺信仰名義來宣揚其抗日行動。之後其認識了他里霧人（今雲林縣斗南鎮）羅俊、竹頭崎人（今臺南市南化區）江定、大目降人（今臺南市新化區）蘇有志等，密謀組「大明慈悲國」，打算武力反抗日本殖民當局。

他自稱是明朝羅教羅思孚老祖的嫡系法脈，受到五福王爺的扶乩神示，擔任「征伐天下大元帥」，可除卻臺灣總督府，由他本人登基成為「臺灣人的皇帝」。

此事件後，臺灣總督府才開始整飭臺灣民間信仰的問題，以避免類似起事事件再發生。安東貞美總督在會議時曾說：「義和團之亂已經是十幾年前清國的事情，為何今日臺灣還有此類的暴動？盲從暴動者至少也該知道，迷信是不能依賴的。」^[15][16]認為迷信不可取，承認臺灣教育失敗，臺灣總督府也因此事件，展開更深入的宗教「慣習」調查。^[17]

西來庵事件結束，亦使臺灣人認識到由於軍事實力的懸殊，抗日起義舉動斷然不可行，民眾開始以和平方式爭取民主與自治，從此由武裝暴力轉型為以社會運動與政治訴求的文化抗日運動，所以西來庵事件也成為臺灣漢人有紀錄以來的最後一次武裝抗日。不過在國際社會上，這事件雖然規模較大，知名度仍舊不及原住民抗日的霧社事件。有學者認為，宗教因素並非孤立本質，其實是台灣人不滿日本殖民統治的自發抗爭。