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對真核生物來說, 無論它們在形態上的差別有多大, 生殖隔離(reproductive isolation)應該是兩個群體能否真正分化成不同物種的關鍵, 這種隔離機制可以是地理的、行為的或其他方式; 而生殖隔離總會伴隨著一些形態或遺傳上的變化, 雖然這些特徵可能與生殖隔離本身並無多大關係, 但往往成為分類學家或分子進化生物學家區分種的依據。

地理隔離同一種生物由於地理上的障礙而分成不同的種群，使種群間不能發生基因交流的現象，叫做地理隔離。
生態隔離由於食性、生活習性和棲息地點的不同，使幾個親緣關係接近的類群之間交配不易成功的隔離機制。例如有人報導5種近緣雀在樹冠的不同層次捕食不同的昆蟲，以及營巢的位置和交配產卵的繁殖季節不同，所以...
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對真核生物來說, 無論它們在形態上的差別有多大, 生殖隔離(reproductive isolation)應該是兩個群體能否真正分化成不同物種的關鍵, 這種隔離機制可以是地理的、行為的或其他方式; 而生殖隔離總會伴隨著一些形態或遺傳上的變化, 雖然這些特徵可能與生殖隔離本身並無多大關係, 但往往成為分類學家或分子進化生物學家區分種的依據。

地理隔離	同一種生物由於地理上的障礙而分成不同的種群，使種群間不能發生基因交流的現象，叫做地理隔離。
生態隔離	由於食性、生活習性和棲息地點的不同，使幾個親緣關係接近的類群之間交配不易成功的隔離機制。例如有人報導5種近緣雀在樹冠的不同層次捕食不同的昆蟲，以及營巢的位置和交配產卵的繁殖季節不同，所以它們雖然生活在同一片森林，甚至同一棵樹上，也都因各有自己的生態位置而形成生殖隔離。
季節隔離	又稱時間隔離，新種形成過程中，合子形成前的隔離機制之一。生物一般都有一定的生育季節和時間，如動物的發情期、交配期；植物的開花期和授粉期等，如果同種群體間的生育季節和時間不同，就會造成季節隔離或時間隔離，阻止了基因的交流，從而導致生殖隔離的形成。例如，北美有3種蛙，同生在一個池塘里，但由於繁殖季節不同而構成了生殖隔離。林蛙在水溫達到7 ℃時，首先產卵；其次是笛蛙，在水溫達到12 ℃時開始產卵；鼓蛙在水溫達到16 ℃時才開始產卵。
生理隔離	植物傳粉後或動物交配後，由於生理上的不協調而不能完成受精作用的現象。例如，異種花粉落在柱頭上通常不能形成花粉管；有的即使形成花粉管也不能成功地通過花柱、到達胚珠。又如綠果蠅的精子在美洲果蠅的受精囊內很快就喪失遊動能力，而同種精子則可較長時間保持活動能力。
機械隔離	主要指由於植物花的結構與傳粉者形態結構不協調而造成的交配受精障礙。例如，大紅吊鐘柳，花紅色，有細長的管狀花冠；山吊鐘柳，花藍色，有較大的鐘狀花冠。二者在人工授粉時能形成雜種，但在自然條件下，前者以其紅色光和紅外光招引蜂鳥，管狀的花冠對蜂鳥細長的喙也相適應；後者以藍紫光與紫外光招引蜂類，鐘狀花冠也適於蜂類采蜜，但二者之間不能相互授粉。這樣，它們的花色和結構，便構成了物種間的隔離而阻止了基因的交流，此即為形態隔離。
行為隔離	由於交配行為不同，而使兩個或幾個親緣關係相近的類群之間交配不易成功的隔離機制。例如，紅蟋蟀、賓州蟋蟀和富爾頓蟋蟀在形態上無區別，但鳴聲的強弱和頻率不同。試驗證明，交配僅在發生同一鳴聲的種內進行，不同鳴聲的蟋蟀不進行交配。