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若公司的門禁出入管制已使用生理特徵認證（Biometric Authentication）設備進行身分驗證，且希望更加嚴格管制，建議調整生理特徵設備的方式是提高錯誤拒絕率（False Rejection Rate, FRR）。

錯誤拒絕率指的是身份驗證系統錯誤地拒絕合法用戶的比例。當錯誤拒絕率增加時，表示系統對合法用戶的辨識要求更高，因此更容易拒絕未經授權的用戶或無效的身份。提高錯誤拒絕率可以增加對身份驗證的嚴格程度，減少不正當的進入。

選擇交叉錯誤率（Crossover Error Rate, CER）、提高錯誤接受率（False Acceptance Rate, FAR）或選擇相等錯誤率（Equal Error Rate, EER）並不適合在這種情況下調整生理特徵設備。這些指標通常用於評估生物特徵識別系統的性能，但並不適合用於調整設備以增加管制嚴格度。

因此，建議選項為(B) 提高錯誤拒絕率（False Rejection Rate, FRR）。