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櫻花鉤吻鮭原來與一般生長在溫帶的鮭魚一樣，有迴游性，會從大海溯河而上回到牠出生的河流上游交配、產卵。雌魚產卵後不久就會死亡，雄魚則順河而下回到大海。魚卵在河流上游孵化後，稍長會再往下游出海，成熟後又回老家交配、產卵，如此循環不已。

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大島正滿先生推論，冰河時期，台灣溪流裡的鮭魚，也是這樣來回溯河、生生不息。在大約1萬5千年前，冰河期接近尾聲，由於地殼的劇烈升降，台灣地形隆起，氣溫升高。平緩的河川變為陡峭、短急，櫻花鉤吻鮭無法生存。唯獨大甲溪上游相對上平坦的地形，保存了櫻花鉤吻鮭的生活環境。但是該溪的中、下游水溫又過高，中游在今天的谷關到德基水庫中間又形成一個小斷層，阻止了櫻花鉤吻鮭迴游大海的機會，於是櫻花鉤吻鮭遂成為「陸封性鮭魚」。因為櫻花鉤吻鮭是在冰河時期來到台灣的，所以也被稱為是一種「冰河孑遺生物」。