首先,原行政院衛生署中醫藥委員會納編為本部中醫藥司,分4科辦事,法定職掌如下:
中醫藥司業務職掌(資料來源:中醫藥司)
中醫科
一、中醫醫事人員管理政策之規劃與推動及相關法規之研訂。
二、中醫醫事人員臨床訓練制度之規劃及推動。
三、中醫醫事機構管理政策之規劃與推動及相關法規之研訂。
四、中醫醫事團體之目的事業主管機關之監督、管理及輔導。
五、關於中西醫學整合業務之規劃及推動 。
六、關於中醫技術之促進及輔導。
七、其他有關中醫醫政管理事項。
八、民俗調理相關業務
中藥藥事科
一、中藥(材)、植物性藥材之管理與品質促進政策之規劃、推動及相關法規之研訂。
二、中藥藥政業務之輔導及管理事項。
三、中藥藥事服務機構與藥事服務品質推動、輔導及管理事項。
四、中藥團體之目的事業主管機關監督、管理、輔導事項。
五、其他有關中藥藥政管理事項。
中藥藥證科
一、中藥藥物管理輔導政策之規劃、查驗登記審查標準之修訂及相關推動事項。
二、中藥藥物之查驗登記、變更、移轉、展延登記等執行事項 。
三、中藥藥典之修訂及編撰事項。
四、中藥廠GMP制度推動、輔導事項。
五、其他有關中藥藥物管理事項 。
政策發展科
一、中醫藥人力培育、發展之研擬、策劃及推動事項。
二、中醫中藥醫事人員繼續教育制度規劃與推動事項。
三、中醫藥用藥安全、衛生教育方案之研擬、策劃及推動事項。
四、中醫藥產業創新發展推動事項。
五、國際與兩岸中醫藥事務規劃及推動。
六、其他有關中醫藥政策規劃、業務發展事項。
36 中藥製劑許可證之核准單位為: (A)中醫藥委員會 (B)藥政處 (..-阿摩線上測驗