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在食品衛生細菌學檢驗中，不僅以檢出大腸桿菌群作爲糞便污染的指標菌，同時還以大腸桿菌群數量的高低來判斷食品受糞便污染的程度及對人體健康危害性的大小

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✪何謂指標菌(indicator bacteria)：

當無法監測食品中每一種有害微生物時，僅針對某些特定指標菌作為是否合乎衛生要求之指標。如：生菌數、大腸桿菌群、大腸桿菌。

✪衛生指標菌之功能：

食品衛生指標菌用以指示食品在製造過程中是否合乎衛生要求的一種指標。其功能有二，一為產品品質之指標菌，二為食品安全及衛生之指標。我國微生物衛生檢測常檢測的總生菌數及大腸桿菌／大腸桿菌群，前者常用於食品現有品質的評估，而後者則為食品安全衛生的指標。在食品衛生細菌學檢驗中，不僅以檢出大腸桿菌群作爲糞便污染的指標菌，同時還以大腸桿菌群數量的高低來判斷食品受糞便污染的程度及對人體健康危害性的大小。

✪衛生指標菌之檢驗意義：

一、總生菌（嗜氧菌）之平板計數（Aerobic plate count, APC）

嗜氧菌亦有人翻譯成好氧菌，其計數稱為總生菌計數，為常用的食品、奶品、飲料、水質衛生指標菌，所得的結果常常被誤認為是代表各類食品或水質之所有微生物數目。事實上，它只是表示在一定條件下，在測試之平板培養基所長出的中溫嗜氧性菌數，檢出的菌量與食品或奶品之製造環境細菌污染狀況具有相關性，因此，嗜氧菌之平板計數為評估食品或奶品安全性、保存性及衛生處理良窳之有效方法，當檢出菌量少時，表示食品或奶品在製造、加工、輸送及貯藏過程的處理方式衛生狀況良好；菌量過高，表示處理不當，食品或奶品中可能含有引起食品中毒之病原菌。

二、大腸桿菌群（Coliform）

大腸菌群細菌定義為革蘭氏（Grams）陰性無芽胞桿菌，在48小時內能分解乳糖，而產生酸及氣體之一群革蘭氏陰性兼性厭氧性（Facultatively anerobic）桿菌，包括大腸桿菌（Escherichia coli）、檸檬酸桿菌（Citrobacter）、克雷白氏菌（Klebsiella）及腸桿菌（Enterobacter）。大腸桿菌群（Coliform）可藉著各種途徑污染工廠的設備、環境、人員及原料，再由此污染最終之加工食物。

此類菌並不耐熱，故經熱處理之食物，若檢出大腸桿菌群，表示食品受到二次污染，故大腸桿菌群計數（coliform）可做為製程之重要控制點，以茲確認HACCP規劃之控制效果。特別是經加熱過後之食品。

三、大腸桿菌（Escherichia coli）

大腸桿菌棲息於人畜之大腸內，若在食品中發現，表示食品受到糞便污染，它的存在比大腸桿菌群更能表示有腸內病原菌之危害。大腸桿菌在加熱後即死亡，故加工後之禽畜肉，如仍檢出大腸桿菌，表示熱處理不當，或加熱後受到污染。為防止消費者食用到受糞便污染食品，衛生著對大部份食品都訂有大腸桿菌不得檢出的規格標準。

四、低溫細菌計數

低溫細菌為在低溫（7℃以下）能生長的中溫性細菌，與食品保存或腐敗有關。牛奶及其製品、肉類及魚貝類等通常在低溫貯藏或輸送，故此類食品如低溫細菌控制不良，很容易引起腐敗，因此低溫細菌為冷藏或冷凍食品的指標菌。
　　低溫菌在35℃並不能生長，一般以結晶紫氯化三酚四偶氮（Crystal violet triphenyl tetrazolium chloride, CTV）培養基，於7℃培養10天，或以25℃培養72小時。低溫菌檢出過多時，表示保存性低，品質不佳，可能污染有耶辛尼亞菌（Yersinia）（此菌可在低溫繁殖）或李斯特菌（Listeria）之食品中毒菌。

五、糞便大腸桿菌群（Fecal coliform）

大腸桿菌群中，很多不屬於糞便的菌群，糞便大腸桿菌群為糞便來源的大腸桿菌，對食品衛生安全評估而言，其檢驗比一般只檢驗大腸桿菌群更具有意義，特別是生鮮食品。糞便大腸桿菌群（Fecal coliform）均能在44.5℃生長，分解乳糖而產生氣體。若生鮮食品檢出糞便大腸桿菌，表示受糞便污染可能性大，也就是該食品的處理不符合衛生安全。

六、腸球菌（Enterococci）

腸球菌如同糞便大腸桿菌群，為人及動物腸道內之常在菌。與食品有關之腸球菌，係指鏈球菌屬（Genus Streptococcus）中屬於Lancefield D群的一群革蘭氏陽性球菌，主要包括S. facealis、S. faecium及S. durans三種菌。這些菌在10℃以下至45℃以上，均能生長；而且在含6.5% NaCl，pH9.6之環境也能生長，並能耐60℃加熱30分鐘。腸球菌之偵測做為糞便污染指標菌比大腸桿菌群偵測為佳的理由：(1)在糞便中腸球菌菌數表比糞便大腸桿菌群菌數少很多；(2)在自然界不易增殖，因此在水或土壤等分佈甚少；(3)食品製造時，經加熱或冷凍，大腸桿菌比腸球菌容易受損傷或死亡應用於測定生蔬菜及沙拉、冷凍食品、肉製品及乾燥食品。

七、厭氧性梭狀桿菌（Clostridia）

有些食品使用真空、無氧之混合氣體置換或添加脫氧劑包裝，保持在無氧的環境，以限制嗜氧菌的生長，而達延長保存效果。但是，此種包裝型態並不能阻止厭氧菌的生長，特別是有產芽孢能力之梭狀桿菌（Clostridia）。本菌群中包括肉毒桿菌及產氣莢膜梭狀桿菌，對蛋白質及醣之分解力強，肉及魚貝類最容易受到污染，故這些加工品，常以檢查厭氧性梭狀桿菌（Clostridia）做為食品含不含中毒菌或品質劣化的指標。

總之，衛生指標菌常被用來作為監測食品是否遭受污染，或是製程有無衛生缺失的重要指標之一。衛生指標菌如超過標準，雖不致於影響身體健康直接致病，卻足以顯示該產品衛生狀態不良。即表示在製作過程當中的衛生狀況、食材、器具、包裝過程可能遭受污染，工作人員的個人衛生狀況不佳，或於常溫保存提供微生物繁殖最佳環境而造成。因此，提醒消費者在選用一般食品或飲冰品時，應注意販售業者環境是否清潔衛生、工作人員衛生習慣是否良好，勿購買路邊攤販售來路不明之食品，選購有包裝且標示清楚之產品，以保障個人健康安全。