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1993年7月1日2388次院會通過之「振興經濟方案」中，正式提出「增設南部科學工業園區」而將選址範圍縮小至南台灣地區。表示「在南部大學鄰近地區，選擇適當地點籌設面積約300公頃之科學工業園區，作為發展生物技術、精密儀器及航太暨自動化零組件等之專業區。」國科會於1994年1月組成專案小組，召開規畫設置南部科學園區的第一次會議，對於南部具體定義為雲林以南，將原11個預定地先行汰存6址。

決定南部設置後，期間高雄縣政府曾提出「雙子星科學城計畫」將南科分設於虎山（台糖仁德糖廠所有）^[8]與路竹，並以捷運串連以求雙贏。1994年7月，國科會放棄竹科第三期徵收計畫，正式投入南部科學園區的選址規畫。科學園區管理局於同年7月21日南下實地踏勘，8月6日協同規畫單位向國科會主委郭南宏報告中反對雙子星計畫。最後國科會宣布以台南新市及高雄路竹進行最後評選，南科擇一落腳。