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粗糙內質網主要的功能是將核糖體所合成的蛋白質加以修飾。

平滑內質網含酵素系統，可進行脂質的合成、醣類的代謝以及解毒作用。

高基氏體的酶會修飾蛋白質，如加上脂肪酸或改變蛋白質上醣類的構造；脂質和多醣類也是在高基氏體合成及修飾。