綜合管理優點為:
1.利用監測害蟲數量之後,決定是否超過ET,再決定是否對該害蟲進行處理防治,與慣行農法不同的是慣行農法只要看到害蟲皆已殺蟲劑大量噴灑藥劑,也不在乎該害蟲是不是真的重要,是否真的造成產量的危害。綜合管理決定要處理之後,還會依序選擇處理方式,從耕作、物理、生物防治最後逼不得已才會選擇化學防治,原因是綜合管理中有一項是對環境的保護重點,不輕易使用殺蟲劑,對環境對水源的污染也大幅降低,有別於慣行農法的地方。最後還會整合防治資材的成本與利益比較,利用這些資材的成本大部分都會低於農藥的價格,也對農民帶來不錯的利益。
效果上的比較,綜合防治較不容易與害蟲產生抗藥性的結果,畢竟殺蟲劑使用的少,慣行農法上若一種蟲產生抗藥性,就很難進行防治。