在此暫且簡單劃分為正面影響及負面影響,將兩者分別論述。
正面影響,例如豆科植物根部之根瘤菌及與部分植物根系形成共生關係之菌根菌,此兩大類皆能協助植物獲取所需營養物質,使植物更加茁壯。另外,分解土壤中植物殘體等成為有機質,及將有機質再行分解成為植物根系易吸收小分子,這兩者對植物生長影響較間接,但影響長遠,此類土壤菌若繁衍良好,可使土壤物理化學性質逐漸往良好方向轉變。
負面影響,比如根腐病、青枯病等致病微生物可藉由土壤傳播,造成規模性損失外,前述所提到分解植物殘體及有機質之為生物,在特定條件下亦可能造成損失,比如殘體過多,分解時土壤溫度過高,氧氣供應不足而使分解中產生的對植物有害物質無法迅速轉化而形成毒害。