申論題

其實這題題意不是很清楚。
如果是完全未知的微生物(新屬或新種)應該沒辦法不透過非培養法鑑定，就算是培養法也是鑑定出未知菌株，之後要再做基因定序、生理特性、SEM等實驗確認新種。

因此本題應該指的是透過非培養法在環境中鑑定微生物的屬名與種名。
作法很簡單，取環境樣品透過Qiagen powersoil或是MP FastDNA spin kits萃取樣品DNA
純化後進行16S rDNA amplification後，amplicon DNA再進行barcode PCR，之後混樣建立DNA library，送生技公司或是各學研機構基因體中心以illumina Miseq定序。如果是送生技公司，該公司會在定序完後提供物種分析的光碟片，裡面就有相關物種資料，以及一些或許用的到或是用不到的分析結果。
如果是送學研機構定序，則定序下來的DNA序列需要自行透過DADA2、Qiime、Mothur等軟體拼接後，可以RDP、SLIVA或是NCBI資料庫進行物種比對，即可得到環境中的微生物物種屬名與種名。
另外也可以萃取環境樣品的微生物DNA後，直接ligation接nanopore的index後，用三代定序進行DNA序列分析，同時該公司提供的軟體可以直接進行物種比對(應該也是NCBI的database)，得到環境樣品屬名與種名。不過nanopore對microbiome的環境樣品辨識精確度目前還頗呵...