1. 以「雙方同意」為前提,因此只要一方不同意,該協議即無法執行,也反映出「政治意願」仍居於執行之主導地位。
2. 協議之形式完善,但仍需「與時俱進」的「補充」,例如合作的「程序」與「標準」必須不斷再補充。此「原則性規定」也反映出兩岸不同體制之合作實踐困難。
3. 以有可能面臨修正與討論之思考,但「執行機制」似乎可以再明訂,例如第五章附則「爭議解決」與「未盡事宜」係以盡速協商、適當方式另行商定,然而「盡速」、「適當」的定義不夠明確,第三條之「聯繫主體」中如何區隔「兩會」與「指定之聯繫人」、「指定之其他單位」之權責仍不夠清晰。故缺乏修正明確之「執行機制」,反映出兩岸需彈性因應各自複雜的內部變化。
4. 實務漏洞:例如第二章共同打擊犯罪中的「洗錢」,由於中國大陸「反洗錢監測分析中心」隸屬於「中國人民銀行」,因此兩岸的反洗錢金融情資單位目前尚未能建立交換情資的聯繫管道,形成打擊洗錢犯罪措施之漏洞,應有盡速填補之必要。
參考資料:汪毓瑋教授主編《國境執法》、陳明傳教授等合著《國土安全專論》