根據《電子支付機構管理條例》第九條第一項的規定,電子支付機構的最低實收資本額為新臺幣五億元,但有以下例外: 1. 未經營收受儲值款項及辦理國內外小額匯兌業務者,最低實收資本額為新臺幣一億元。 2. 未經營辦理國內外小額匯兌業務者,最低實收資本額為新臺幣三億元。 因此,若電子支付機構僅經營代理收付實質交易款項、收受儲值款項、辦理買賣外幣業務,未涉及辦理國內外小額匯兌業務,其最低實收資本額應為新臺幣三億元。 因此,正確答案為: (C) 三億元