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腦幹就位於銜接在大腦、間腦與脊髓中間。周圍神經所有上行的訊息都經腦幹向上傳導；中樞的所有指令也經腦幹向下經脊髓到周圍神經所分佈的肌肉與腺體執行，如此佔有非常重要的樞紐地位。由上而下，腦幹分成中腦、橋腦和延髓：中腦包圍大腦導水管，除了做為大腦－脊髓及大腦－小腦間神經徑的延遲站之外，還有視覺、聽覺和觸覺的反射中樞；橋腦為大腦－小腦徑的延遲站並和延髓共同調節呼吸速率；延髓則含有一些調節心跳、呼吸和血壓的生命中樞，以及嘔吐、咳嗽、吞嚥的反射中樞。