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不過這種共同維持帝國運作的「使命」，當經歷於西元1618年爆發的「三十年戰爭」（Thirty Years’ War）後，這個帝國裡的邦國從此失去共同目標，致使神聖羅馬帝國分崩離析。簡單來說，三十年戰爭是宗教改革時期牽引出來的一場以宗教為名，政治利益為實的大型戰爭。歐洲大部份的國家都加入了這場戰爭，表面上是分別支持新教和支持天主教陣營之間的衝突，但實際上卻是源於各國為求私利和爭霸的一場衝突。

作為一個有眾多不同邦國的神聖羅馬帝國，各邦國因自身利益而支持不同的宗教陣營。這些邦國互相征伐，導致神聖羅馬帝國爆發內戰，而且因為其他歐洲列強的介入，帝國境內成了三十年戰爭的主要戰場。

西元1555年的《奧古斯堡宗教條約...

三十年戰爭

不過這種共同維持帝國運作的「使命」，當經歷於西元1618年爆發的「三十年戰爭」（Thirty Years’ War）後，這個帝國裡的邦國從此失去共同目標，致使神聖羅馬帝國分崩離析。簡單來說，三十年戰爭是宗教改革時期牽引出來的一場以宗教為名，政治利益為實的大型戰爭。歐洲大部份的國家都加入了這場戰爭，表面上是分別支持新教和支持天主教陣營之間的衝突，但實際上卻是源於各國為求私利和爭霸的一場衝突。

作為一個有眾多不同邦國的神聖羅馬帝國，各邦國因自身利益而支持不同的宗教陣營。這些邦國互相征伐，導致神聖羅馬帝國爆發內戰，而且因為其他歐洲列強的介入，帝國境內成了三十年戰爭的主要戰場。

西元1555年的《奧古斯堡宗教條約》（Diet of Augsburg）確立了神聖羅馬帝國境內被劃分為新教和天主教兩個世界。雖然如此，宗教差異仍未成為公侯們維繫帝國運作的障礙。可是，當西元1629年的《呂布克和約》（Treaty of Lübeck）生效後，神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世（Ferdinand II, Holy Roman Emperor）卻強迫新教陣營的北德意志地區改信天主教，造成了新教公侯的不滿和反抗。

斐迪南二世此舉除了讓新教公侯不滿外，還使天主教公侯起來反對他，因為大家知道斐迪南二世的舉動，就是為了擴大皇權。帝國內公侯的不同陣營，主宰了他們在外交方面的取向，同時提供了歐洲列強介入帝國內政的藉口。

另一方面，當時的哈布斯堡家族（House of Habsburg）除了統治著神聖羅馬帝國外，還同時統治著西班牙、北義大利、低地國（The Nederlands）等等的地區，形成了一種對法國的勢力包圍。瑞典和丹麥也不樂見哈布斯堡家族在歐洲勢力的持續上升，他們有爭奪對波羅的海（The Baltic Sea）控制權的野心。就這樣，法國、瑞典和丹麥也就趁神聖羅馬帝國內部的紛爭，軍事介入並在其境內爆發了長年的戰爭。

泰爾博赫繪於1648年的西發里亞和約確認儀式｜Photo Credit: Gerard ter Borch@Wiki Public Domain

主權理念確立，帝國分崩離析

西元1648年，為了結束這場曠日持久的戰爭，歐洲各國決定簽定《西發里亞和約》（Treaty of Westphalia）。法國和瑞典獲得了神聖羅馬帝國一些重要的領土，成為戰爭的大贏家。不只這樣，和約明文規定了神聖羅馬帝國的將來——公侯與皇帝的關係及公侯與帝國的關係。這和約可說是把神聖羅馬帝國推向滅亡的一個喪鐘。

首先，和約確立了公侯領土的「主權」（Sovereignty）。「主權」是三十年戰爭後的產物，是近代國家理念之始。在這之前，國與國之間並沒有主權概念，一國若發生某種政治爭拗，例如最常見的王位繼承問題，他國貴族可以憑藉血緣或親戚關係干涉。而且，所謂「領土」也只是代表勢力範圍而已，並沒有明確邊境的概念。

三十年戰爭後確立的「主權」概念，代表其他國家從此不得私自干涉其他國家的內政，而且領土邊界也確切地規定了。帝國公侯的領土有了主權，皇帝要干涉他們就更加困難。當皇帝的權力進一步受限，在沒有得到帝國議會的同意下，皇帝也不能夠隨意行使立法、徵稅、結盟、宣戰、媾和等權力。至此，所謂神聖羅馬帝國，根本已是徒具「帝國」的虛名，實際卻已上是名存實亡。

拿破崙讓神聖羅馬帝國壽終正寢

神聖羅馬帝國的後期歷史裡，逐漸變成普魯士（Prussia）與奧地利（Austria）的爭雄。由於普魯士國王同時是勃蘭登堡選王侯，奧地利大公則是神聖羅馬帝國帝位的壟斷者，因此神聖羅馬帝國所身處的德意志地區自然成為了這兩大德意志勢力的鬥爭地盤。

18世紀末至19世紀初，法國處於革命的動盪時期。西元1799年，法國人的民族英雄拿破崙（Napoleon）成為第一執政，取得最高權力。五年後，拿破崙稱帝，為自己戴上皇冠，其皇冠非由教皇加冕，表示皇權不再是「君權神授」。法國從共和制回到了君主制。只是，這個法蘭西第一帝國與之前的專制王朝不同，其權力來自人民的意願，帝國施行《拿破崙法典》，強調保障個人自由和私人財產，而且人人生而平等。

法國在拿破崙的出色統治和軍事下，迅速從革命後的混沌中崛起，引起歐洲列強的注意。然而，歐洲列強組成多次的反法同盟也未能對拿破崙造成任何威脅，法國的對外擴張卻是迅雷不及掩耳。普魯士王國位於法國毗鄰，其政治取態浮動，先是由支持反法同盟轉為中立，後來被氣勢如虹的拿破崙強迫轉而與法國簽定同盟和約。

除了普魯士外，與法國非常接近的萊恩河（River Rhine）河畔的德意志諸邦也開始向法國靠隴。西元1806年7月，拿破崙主導成立「萊因邦聯」（Rheinbund），最初擁有十六個德意志領邦成員，兩年後發展到三十九個之多。法國是這個聯盟的保護國，同盟成員須向法國提供軍事力量。

這一著，大量德意志邦國雖然名義上還是隸屬神聖羅馬帝國，但實際上卻是退出了。拿破崙還為神聖羅馬帝國施加了最後一刀。他以強大的歐洲影響力，強迫當時的神聖羅馬帝國皇帝——奧地利大公法蘭茲二世（Franz II, Archduke of Austria）解散帝國。而在這之前，奧地利在與法國的戰爭中慘敗，首都維也納曾被法國軍隊佔領，因此無力反對。

西元1806年8月，已經名存實亡的神聖羅馬帝國終於壽終正寢——法蘭茲二世宣佈解散帝國。這個帝國的滅亡無聲無色，並沒有一絲壯烈感，就像它一千年內極力模仿的古羅馬帝國一樣，同樣也是在消失時無聲無色。

神聖羅馬帝國消失了，不代表德意志地區的命運就此終結。曾是神聖羅馬帝國皇帝的法蘭茲二世在宣佈解散帝國前，便已整合自己的領土（奧地利大公同時是匈牙利國王和波希米亞國王），並自稱為奧地利帝國皇帝，把奧地利大公國升格為奧地利帝國了。這個奧地利帝國，還要在往後的日子裡與普魯士王國爭奪神聖羅馬帝國故土的控制權，也就是德意志地區的話事權，不過這也是後話了。