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第一類：24小時內報告，應於指定隔離治療機構施行隔離治療。天花、鼠疫、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)、霍亂、狂犬病、炭疽病、H5N1流感。
第二類：24小時內報告，必要時，得於指定隔離治療機構施行隔離治療。白喉、傷寒與副傷寒、登革熱、流行性腦脊髓膜炎、小兒麻痺症/急性無力肢體麻痺、桿菌性痢疾、阿米巴性痢疾、瘧疾、麻疹、急性病毒性A型肝炎、腸道出血性大腸桿菌感染症、漢他病毒症候群、德國麻疹、多重抗藥性結核病、屈公病、西尼羅熱、流行性斑疹傷寒。
第三類：一週內通報，必要時，得於指定隔離治療機構施行隔離治療。百日咳、破傷風、日本腦炎、結核病(除多重抗藥性結核病外)、漢生病（麻風）、先天性德國麻疹症候群、急性病毒性B型肝...
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