軍艦是否在他國領海享有無害通過權,在西方國家與其他國家之間看法有所爭執。依聯合國海洋法公約第25條第3款規定:如為保護國家安全包括武器演習在內而有必要,沿海國可對外國船舶在形式上或事實上不加歧視的條件下,在領海的特定區域內暫時停止外國船舶的無害通過。又第30條規定:如果任何軍艦不遵守沿海國關於通過領海的法律和規章,而且不顧沿海國向其提出遵守法律和規章的任何要求,沿海國可要求該軍艦立即離開領海。然而,沿海國能否規定軍艦的通過必須事先通知,目前未有定論:
贊成者認為:依據第17條無害通過權適用所有船舶,當然包括軍艦在內。因此,其認為軍艦應享有無害通過權。
反對者認為:無害通過制度目的在於促進船舶之商務活動,而軍艦非商務船舶,若容許軍艦進入沿海國領還不,則其不但帶來風險,且並未能有其他可能之商業利益,且其認為軍艦本質上即非是無害,當然不能享有無害通過權。
我國對於軍艦之通過才事先告知制,在中華民國領海及鄰接區法第其條規定:外國軍用或公務船舶通過中華民國領海應先行告之。