海巡機關得依據台灣地區與大陸地區人民關係條例(以下簡稱兩岸人民關係條例)第32條之規定沒入甲所有之船舶。
依據兩岸人民關係條例第32條規定:大陸船舶未經允許進入台灣限制或禁止水域,主管機關得逕行驅離或扣留其船舶,物品或留置其人員或為必要的防衛處置。
前項扣留之船舶,物品,或留置之人員,主管機關應於3個月內為下列之處分:
一,扣留之船舶,物品未涉及違法情事,得發還;若違法情節重大,得沒入之。
二,留置之人員經調查後移送有關機關依本條例第18條收容遣返或強制其出境。
綜上所述:本文以為海巡機關得以依法沒入甲所有之漁船。