聯合稽查作業，妥善應變處理所轄海域發生之污染事件，追繳不法利得並勒令停工，有效遏止偷排行為。
水體污染總量管制
事業廢(污)水集中於特定水體區域排放，導致污染物排放總量超過該水體所能承受之污染量，因此需評估並規劃總量管制方式。
河川污染量削減
河川污染量削減方式有下列七種，包括污水下水道接管、現地處理、截流設施、事業稽查管制、污染源頭減量、污染總量管制、畜牧糞尿資源化等，需要由中央政府及地方機關的相關單位協力合作共同執行。
畜牧糞尿資源化
環保署推動畜牧糞尿厭氧消化後沼液沼渣作為農地肥分使用，使畜牧業減少操作維護費、農民減少化肥使用、河川減少排入污染及企業取得碳權綠電，共創四贏局面。
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