廣大興廿八號漁船事件台菲雙方已各自完成初步調查，不過，由於台、菲間有保密協定，即使調查報告出爐，兩國官員仍希望再磋商做出一致決議。外傳台菲雙方最晚會在六月九日，也就是廣大興號事件發生滿一個月當天同時公布調查報告。
我方確定兩凶槍掃射船艙
我方刑事局等單位鑑定報告確定至少「兩凶槍、二十四彈孔、九彈頭」掃射避難船艙；辦案人員認為，此案絕非菲國海巡人員對空鳴槍所發生的意外，明顯是具有殺人故意的謀殺事件。
菲方辯對空鳴槍拒絕測謊
據了解，菲國八名海巡人員目前全都否認當時持M14步槍開槍，聲稱都是對空鳴槍，否認有朝船身或船艙開槍，也不知道出人命，而且均拒絕我方所提的測謊要求。
我偵訊菲員安插「測謊題」
不過，調查團成員刑事局測謊專家林故廷，在我方詢問菲國海巡人員的題庫中安插了數題「測謊題」，林故廷已依嫌犯答訊的內容及聲調、臉部表情等非語言訊息，判斷證詞真偽，不能算測謊，但也有參考價值。
菲律賓司法部長德利馬則表示，目前尚待釐清的議題是事件發生地，以及菲國調查團在台灣蒐集的證據，國家調查局將做出適當建議，包括刑事上的起訴，司法部不會以任何形式介入，希望未來不管是行政或刑事上的行動，都能符合菲律賓法律；他也重申，菲律賓擁有以菲國法律為基礎的司法管轄權。
不過，我方根據廣大興號的衛星軌跡圖、菲國影帶畫面及廣號僅有擦痕沒有撞擊痕跡，認為「廣」船並未衝撞菲國公務船，也沒入侵菲國領海。
據悉，台、菲雙方已完成手邊所有書證遞交，包括槍彈彈道鑑定、洪石成解剖報告、ＤＮＡ報告等，我方同時還提供菲方英文版資料。
外交部發言人高安昨表示，外交部將持續力促菲律賓政府回應我方提出的道歉、賠償、懲凶、漁業談判等四項要求，但前三項要求均需要以調查結果為基礎，至於台菲漁業協議，目前雙方「朝正向發展」。
此外，法新社報導，在台菲發生漁船槍殺爭議之際，美國國防部長哈格爾在新加坡舉行的香格里拉對話（亞洲安全會議），與菲律賓國防部長蓋茲敏會面重申，菲律賓是美國重要盟邦，雙方將實踐共同防禦條約，並在南海維持航行自由。