90. Which of the following techniques is the best to quantify protein-protein interactions?
(A) Co-immunoprecipitation
(B) Affinity chromatography
(C) Chemical cross-linking
(D) Surface plasmon resonance
(E) The two-hybrid system

(A) Co-immunoprecipitation (Co-IP)
• 原理：利用抗體將一個目標蛋白質從溶液中沉澱下來，同時拉下來與之結合的蛋白質。
• 優點：可用來驗證蛋白質之間是否有交互作用。
• 缺點：通常是定性技術，無法精確測量結合的強度或親和力。
• 應用：用於在細胞內驗證蛋白質之間的實際交互作用。

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(B) Affinity Chromatography（親和層析）
• 原理：目標蛋白質通過與固定在柱上的配體（可能是另一個蛋白）進行特異性結合。
• 優點：可用來純化蛋白質或檢測相互作用。
• 缺點：非主要用於定量分析，雖可間接比較結合能力，但不夠精確。
• 應用：分離和濃縮蛋白質複合物。

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(C) Chemical Cross-linking（化學交聯）
• 原理：使用交聯劑把彼此靠近的蛋白質共價結合，再透過質譜或SDS-PAGE分析。
• 優點：可捕捉瞬間或弱的交互作用。
• 缺點：不是定量工具，且可能產生非特異性結果。
• 應用：確認蛋白質接觸點、交互作用位置等。

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(D) Surface Plasmon Resonance（表面電漿共振，SPR）
• 原理：一個蛋白質固定在金屬表面，另一個蛋白質在溶液中流過；可即時監測其結合與解離。
• 優點：
• 可實時偵測結合過程。
• 提供定量資訊：如結合常數（Kd）、速率常數（kon/koff）。
• 靈敏且不需標記。
• 應用：最適合用來定量分析蛋白質交互作用的強度與動力學參數。

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(E) The Two-Hybrid System（雙雜交系統）
• 原理：通常在酵母中利用轉錄因子的兩個區段來探測蛋白質之間是否有交互作用。
• 優點：可在活細胞中探測PPI。
• 缺點：主要是定性；並非精確的定量工具。
• 應用：篩選可能的蛋白質交互作用對。