依據學界的見解,電子化政府的發展會面臨到以下的困境:
1.數位落差擴大的問題:所謂的數位落差是指「個人、家戶、企業在不同社經背景或居住地理區位上,接近使用資訊科技及運用網際網路參與各項活動的機會差距」。而政府的電子化應避免數位落差的負面影響,完全的或歧視性的政府服務數位化將導致欠缺資訊溝通技術的民眾喪失權力。
2.個人資料保護問題:政府機關在設計資訊服務系統時,未能充分考量人民的技術能力,以及人民對制度與系統的信任傾向,以致於受到惡意第三者的侵害。
3.官僚權力集中的問題:部分學者資訊科技一旦為有權者所控制,則資訊發達可能產生令人悲觀的後果,諸如權力更為集中,擴大提供資訊者與接收資訊者的不公平狀態。
4.政府資訊公開完整性及兼具「質與量」的問題:電子化政府自資訊提供者而言,是希望民眾可以透過網際網路,打破地域的限制,獲取政府機關的訊息,但目前政府機關的資訊,除了在「量」方面有所增加外,資訊的「品質」及完整性,就少有人提及。