廣義來說,跨域治理包涵兩層意義:跨部門(cross-sectors)治理及跨領域(cross-boundary)治理。部分政策文獻指出「跨部門治理」概念經常應用於解析多方參與的政策或公共事務議題。這類議題被稱為公共政策上「棘手問題」(wicked problems)、「棘手政策」(wicked policies)、「跨領域議題」(cross-cutting issues)或「棘手議題」,若由參與者分析來看,此類議題可能同時包括中央與地方政府,並且普遍納入營利的企業組織或非營利組織。當然也由於跨部門治理議題經常抗拒單方所提出的解決方案,具備行政轄區界限模糊或重疊,公民參與層次及範圍日益增廣等複雜現象,進而吸引各界對跨部門治理概念的重視。