地方自治團體在受憲法及法律規範之前提下，享有自主組織權及對自治事項制定規章並執行之權限。
目前地方行政機關組織準則系參採「中央政府機關組織基準法」及「中央政府機關總員額法」之設計，就地方行政機關之組織層級、組織單位、總員額等要項，以總額控管的方式訂定規範。
(一)各縣市政府員額總數的計算方式：
依據內政部訂定的地方行政機關組織準則第23條第1項規定，縣市政府除警察及消防機關之員額外，以中華民國88.07.01的編制員額總數，為其總員額基準數。以該基準數加分配增加員額之和，為各該縣市政府員額總數。
(二)各縣市政府分配增加員額之計算方式：
依據地方行政機關組織準則第23條第2項規定：各縣市政府員額總數分配增加員額的計算方式如下：
(人口數(60%)+面積(10%)+自主財源比率(30%))
1.以各該縣市87.12月底人口數除以縣市總人口數所得商之百分之六十，為人口數所占分配比重
2.以各該縣市87.12月底各縣市面積除以縣市總面積所得商之百分之十，為面積所占分配比種
3.以各該縣市自主財源比率除以縣市自主財源比例之和，所得商之百分之三十，為自主財源所占分配比重。
所謂自主財源比率，指各縣市85年到87年之三年度歲入總決算中，扣除補助款收入、公債收入、借款收入、移用以前年度歲計賸餘後之數額，佔各該縣市歲出決算數之平均值。
4.以各縣市合計增加員額總數之5000人乘以前三款比重之和，所得之積數之整數為其分配增加員額。
(三)戰地政務時期設立之事業機關構，於戰地政務終止後改隸縣政府者，因組織調整、合併或裁撤，其編制表所列之員額數，經報內政部轉行政院核定後，得納入該縣政府員額總數計算。
地方行政機關組織準則僅規範組設單位、機關總數，至於要籌設哪些單位、機關，則由地方政府依地方特性及未來發展方向，配合政務推動需要而加以研訂，較之前更符合地方實際需求，例如南投縣為發展觀光，字可設置觀光單位，基隆市為發展漁業，可設置漁業單位，澎湖縣及東部沿海縣市則可依實際情況及需要設置觀光單位或漁業單位，或兩者都設置，總之，雖然各級地方政府的組織設計規劃，仍須依據中央所訂的準則為規範，但較以往更進步，更具彈性，地方政府具有組織單位決定權限。
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