一、考試目的不同，會考是成就評量，不是唯一的升學依據，會考目的希望掌握學生的學習品質，而不是把學生依照成績排序。
二、考試計分方式不同，基測目前採用的量尺，是百分量尺。把所有當年參加考試考生依照成績高低，分成100等份，也就是現在大家熟悉的PR（percentile rank）值。因此會有現在的亂象：PR95的學生，為了提升3、4等PR值，把所有的精力投入，放棄考試以外的人生。但會考的區別刻意模糊化，目前教育部規劃只區分為3個等份：「精熟」、「基礎」、「待加強」。
三、計分的參照點不同，基測是常模參照，也就是根據當年考試學生的成績常模。但會考則是標準參照，也就是先有一個標準，訂出「精熟」叫做什麼，國三該有的數學能力達到「精熟」，應具備什麼能力；「基礎」又是什麼？；「待加強」又是什麼？若是能把這些國家標準清楚的定出來，透過這樣的考試，也可以很明確的把需要補救教學的學生鎖定。
這個標準是由國家來確認，標準參照考試方式是世界的趨勢。其他國家十年前就在做這件事情。這個國家標準，也是目前心測中心在努力的事情。
四、選校主體不同，過去基測因為切分區別很細，每一位考生都會被貼上一個分數的標籤，被學校選擇。但是，未來因為計分模糊化，學生的會考成績，也只會被分為三類，學生選校的主動性將會大為增加。
但會考也未必是12年國教的萬靈丹，眼前就有3大挑戰必須克服，否則還是可能變成「另外一種基測」。
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